Η Αλεξάνδρα Ιωαννίδου είναι ένα από τα επτά μέλη της επιτροπής που όρισε η ελληνική κυβέρνηση για να εξετάσει τον αλυτρωτισμό στα σχολικά βιβλία των Σκοπίων. Κι όμως, η ίδια αμφισβητεί δημόσια την ελληνικότητα της Μακεδονίας. Η Αναπληρώτρια Καθηγήτρια του ΕΚΠΑ δήλωσε στις 19/9/2018: «Ανεχόμαστε χίλια μύρια όσα στο όνομα της τρομερής πατρίδας και μιας, ας το πούμε φαντασίωσης που μας λέει ότι η Μακεδονία ήταν πάντα ελληνική και θα παραμείνει ελληνική».
